圣水寺位于罗源县城的南郊的莲花山半山腰，创建于宋绍圣三年（1096年）。寺后石罅间有一眼清泉，古时每逢疫病流行，居民多来取水饮用治病，人称“圣水”，寺因此得名。寺院坐东朝西偏北，依山而筑，渐次升高，中轴线上从前至后依次为山门（天王殿）、二门、泻露池、大雄宝殿、法堂，前后之间高差极大，以回廊石阶相连。
现存大雄宝殿建筑为明万历年间（1573～1620年）重建，清代重修。大雄宝殿为单檐悬山顶建筑，面阔五间，进深七柱出前游廊三间，用穿斗式结构，殿堂三间减中柱，梁架用材雄厚，斗栱疏朗大气，基本保持明晚期风格。大雄宝殿前左右分设钟楼、鼓楼，均为两层歇山顶。
大殿右边设有客堂，宋时为黄氏私塾“连茹斋”，理学大儒朱熹曾在此客居传学，其手书“南石古道”至今仍在。黄氏后人将私塾更名为“文公书院”，到了清道光年间舍给圣水寺改作客堂和禅房。
大殿左通莲花山，号称有四大奇岩：金钟磹 、眠鹤石、龙虎岩及笔砚岩，皆县内名胜，并存有大量历代摩崖石刻。其中大部分以“莲花山摩崖石刻群”之名被公布为罗源县文物保护单位。摩崖石刻群中最早的可以追溯到元朝，其时文人多南下屏居，或携友访游名胜，就包括罗源圣水寺，至正乙巳年（1365）一年中便留下了“栖云”等三段摩崖石刻。金钟磹就在寺内，巨石顶平而腹空，形如罩地金钟，因而得名。金钟磹后即为眠鹤石，两巨石顶部做石桥相连，登临可俯瞰全寺。眠鹤石上行不远原有龙虎岩，旧时岩下有清泉从罅隙中流出，即为“圣水”所在，惜于“文化大革命”时被毁。龙虎岩上方又有笔砚岩，为二石并立，分别形如笔砚，古时在此可俯瞰罗源全城。
圣水寺中最为著名、最有价值、也最具传奇色彩的当属栖云洞及其中的罗汉造像，在2006年被公布为第六批全国重点文物保护单位。栖云洞为金钟磹底部一天然石穴，洞口小而洞内宽大，传言洞内常年云雾缭绕。洞口上方有题额“栖云”，并有诗文“天开石室云居暖，山耸莲花水涌香”。洞中存有罗汉造像十八尊、摩崖题刻九段、古井一口。罗汉造像系辉绿岩勒造，每尊高0.74米至0.84米不等，依三面洞壁设花岗石须弥座而置其上，须弥座束腰上有题记：“住山比丘正心，谨募檀那壹拾玖位，各人捨錢柒貫，剏造观音菩萨乙尊，并住世羅漢壹拾捌位，安奉供養，各符心願。仍正心囬捨衣资柒拾貫，添立寶座，結砌池井，廉杖良田，用资恩省。峕嵗戊申淳祐捌年（1248年）玖月拾贰日造，石匠陈曾缘。”此罗汉造像为福建省现存最早的石雕罗汉，年龄、体态、神情、衣饰各具特色，无不维妙维肖。1993年以来，栖云洞六次遭劫，幸而十八罗汉造像均被追回；唯另一尊观音造像至今下落不明。
圣水寺后内另有僧舍利塔四座，其中有开山祖师谏二头陀的祖师塔。
